Een afdeling gespecialiseerde zorg concentreert zich op de ziekenhuizen en de geestelijke gezondheidszorg. Na de voltooiing van de zesde staatshervorming, zal deze afdeling ook de dossiers van de revalidatiecentra behandelen.
De afdeling staat in voor de programmering, planning, erkenning en subsidiëring van:
- Ziekenhuizen (algemene, universitaire en categorale ziekenhuizen)
- Psychiatrische ziekenhuizen
- Initiatieven beschut wonen
- Psychiatrische verzorgingstehuizen
- Centra Geestelijke Gezondheidszorg